Из всех существовавших в Якутске православных храмов только одна церковь сохранила свой первоначальный вид и объемы. Такое необычное для советского города обстоятельство объяснялось тем, что в ней, как ни странно, до конца 70-х годов размещался партийный архив областной организации КПСС. Речь идет о Николаевской кладбищенской церкви, ныне кафедральном соборе. По предложению и настоянию краеведа И. Д. Архипова, здание церкви в 1976 г. было включено в список памятников архитектуры республики. История строительства храма и его дальнейшая судьба удивительно интересны. Святителя и Чудотворца Николая якутяне весьма почитали и люди желали иметь каменный благолепный храм во имя этого угодника Божия. В городе Никольская церковь, деревянное здание которой было выстроено еще в 1718 г., считается одной из старейших. В настоящее время то место, где была расположена эта церковь указать можно только приблизительно. Деревянный храм во имя Николая Чудотворца стоял примерно на участке, занятом спортивным залом Якутского научного центра СО РАН за комплексом строений Институтов геологических, биологических наук и горного дела. Известно, что в начале 1720-х годов в этой церкви службу вел священник Алексей Степанов.

Предложение о сооружении на том месте нового храма, предназначенного исключительно для совершения погребальных обрядов, было поднято одним из богатых людей города купцом 2-й гильдии Иванов Яковлевичем Шиловым, что было поддержано горожанами, собравшими необходимую сумму путем пожертвований. Летом 1843 г. в Якутск с ревизией дел духовенства посетил архиепископ Нил. Во время встречи с представителями именитых горожан он с радостью поддержал предложение Ивана Яковлевича Шилова младшего о возобновлении строительства храма на свой личный капитал. В городе развернулось производство кирпича, началась выемка бутового камня в Табагинском мысе, стали создаваться артели рабочих-каменщиков. 9 мая 1847 г. духовенство города освятило фундамент здания и с этого дня стены храма стали подниматься все выше и выше. Через год настоятель Спасского монастыря, благочинный градоякутских церквей архимандрит Самуил в своем донесении преосвященному Нилу отмечает следующее: «Работы по постройке церкви кипят, рабочих бездна. Только разлив Лены ныне очень велик и присек путь к церкви. Необходимо будет помыслить об устройстве через протоку постоянного моста». В 1851 г. возведение церкви в основном было завершено. На следующий год в Якутск прибыл архиепископ Камчатский, Курильский и Алеутский Иннокентий (Вениаминов), представивший в Священный Синод ходатайство о присоединении Якутской области в состав Камчатской епархии. Преосвященный Иннокентий (Вениаминов) архиепископ Камчатский и Алеутский прибыл в город Якутск с целью дождаться указа о вступлении в управление огромным краем уже с 25 января.

Со временем деревянное здание храма, вероятно, пришло в ветхость или сгорело. Тогда по сложившейся традиции горожане в 1791 г. стали возводить двухэтажное каменное здание, которое, по-видимому, за скудостью средств строилось более тридцати лет. Причем за время сооружения этого храма в Якутске случилось сильное землетрясение. В процессе эксплуатации под зданием стало разрушаться основание, в результате которого появились сквозные трещины в стенах храма. Компетентная комиссия, обследовав здание, пришла к выводу, что «строитель оного не обратил должного внимания на основание или фундамент как наиважнейшую часть в каждом строении...» Якутское областное правление, получив соответствующее указание из Иркутска, в 1834 г. вынуждено было дать распоряжение о разборке стен здания церкви. В марте 1835 г. благочинный протоиерей Ф.Амвросов составил последнюю опись имущества Николаевской церкви. Из содержания скупых строк видно, что насколько огромным было само здание церкви. Нижний этаж имел 18 окон, верхний этаж - 20 окон. Высокий четверик имел два этажа и на нем устроен восьмерик. В записях протоиерея Ф.Амвросова не упоминается его завершение: шатровое или многоглавое. Также отсутствуют сведения о колокольне, хотя перечислены 9 колоколов, в том числе «большой колокол, на коем весу неизвестно, и полиелейный колокол весом 66 пудов 18 фунтов». В то же время в планах г. Якутска, составленных во второй половине ХVIII в., в полутора верстах к западу от города за озером, бывшем некогда протокой Лены, обозначался православный храм, что примерно соответствует современному местоположению Свято-Никольского собора. Название его не сохранилось. 

Но до получения приказа из Санкт-Петербурга Преосвященный Иннокентий считал себя пока гостем и не решался приступить к освящению храма без формального соизволения Иркутского архиерея. Дожидаясь соответствующего указа, он отправил в Иркутск архиепископу Нилу письмо с просьбой разрешить ему освятить новую каменную церковь. Святитель Иннокентий 9/22 мая сам освятил главный престол, а 11 и 21 мая (ст.стиля) по его распоряжению благочинным священником Димитрием Хитровым (будущим епископом Якутским и Вилюйским Дионисием) и соборным священником М. Ощепковым освящены были другие два престола: в южном приделе во имя Сретения Господня и Смоленской Божией Матери, в северном - во имя преподобного Иоанна Лествичника и святых равноапостольных Константина и Елены. Во вновь построенную церковь были перенесены из старой колокола, святое облачение, многие святые иконы. Все три иконостаса были сооружены вновь по чертежам областного архитектора Диаконова. В ограде Никольской церкви хоронили покойников из всех сословий, составлявших население города. Из преданий известно, что купец Иван Яковлевич Шилов-младший за немеркнущие благодеяния в пользу церкви был похоронен «у входа в храм по правую руку».

Со временем надгробные памятники кладбища Никольской церкви ветшали, разрушались, могилы сравнивались с землей и над ними появлялись надмогильные сооружения людей последующих поколений. Среди них были ценные в историческом и архитектурном отношении памятники установленные над могилами местных общественных деятелей, дворян, купцов, мещан, казаков и саха. На некоторых могилах были установлены памятники из чугуна или гранита, изготовленные в центральных городах России и имевшие мемориальные эпитафии. В 20-ые годы ХХ в. Никольская церковь получила печальную известность в связи с расстрелами красными в ее ограде наиболее известных представителей интеллигенции, купечества и духовенства. К концу 30-х годов стройки города вплотную подошли к ограде кладбища. Для расширения зоны застройки постепенно стали сносить кладбище. Но еще раньше злоумышленниками были украдены памятники, установленные над могилами некоторых местных общественных деятелей. В 50-е годы последние остатки кладбища сравняли с землей, По рассказам старожилов, надгробные памятники были использованы в качестве бутового камня на стройках города, в частности под основание Якутской городской электростанции. Оставленное без присмотра здание Никольской церкви постепенно приходило в упадок и запустение, что послужило поводом для разгрома остатков былого величия православных общин Якутска. С колокольни церкви в 30-е годы были сброшены колокола. По счастливой случайности уцелели все объемы церкви и их первоначальный вид сохранился почти без изменения. В 1982 г. по настоянии краеведов И. Архипова и А.Копырина ведомство, занимавшее здание, провело косметический ремонт здания. После того, как размещавшийся в нем республиканский библиотечный коллектор в начале 90-х годов переехал на другое место, храм был передан в ведение вновь учрежденной Якутской епархии. 

Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II в 1993 г. во время визита в Якутск посетил Никольскую церковь и выразил надежду на скорое ее восстановление. Правительство и Президент Республики Саха (Якутия) приняли решение о выделении средств на восстановление этой церкви, колокола которой как и в полутораста лет назад стали призывно звонить во время православных богослужений с 1995 г. 

К началу 1939 года в Якутске уже были закрыты почти все церкви. В распоряжении верующих осталась только Никольская церковь, находившаяся тогда на окраине города, а ныне - в районе автовокзала. Причиной того, что она так долго действовала, скорее всего, было то, что при ней находилось кладбище, бывшее по размерам больше кладбищ при закрытых Троицком соборе и Предтеченской церкви. После 1991 года появлялись даже слухи о том, что могилы находились в районе снесённого ныне магазина «Молодёжный» и даже на территории автовокзала. Никольскую церковь ещё до революции называли «кладбищенской». Её закрытие могло повлечь запустение кладбища, что вызвало бы нежелательные для советской власти пересуды и слухи. Большинство верующих, почти 70% посещавших церковь в 1930-е годы, состояло из женщин. Церковным старостой тоже была женщина. Кстати, это был небывалый до 1917 года случай, ведь старостами церковных приходов тогда становились исключительно мужчины. Но времена настали другие, возможно, что мужчины могли и просто побояться занимать такую общественную должность. Как не без оснований отмечали специалисты по «атеистической психологии» (была раньше и такая специальность), женская религиозность гораздо прочнее мужской не только по причине эмоциональности женщин. Верующие женщины любят Бога как самого справедливого и лучшего мужчину, пусть хоть и незримого в земной жизни. Верующие мужчины же обычно просто боятся Бога, как сурового отца или старшего брата. Но одной лишь женской твёрдости в вере в те времена было недостаточно. Храм требовал мужской руки, то есть регулярных работ по ремонту. Его здание было построено очень давно, по некоторым сведениям в 1853 году. Необходимо было как-то находить строительные материалы. Но раздобыть в почти сплошь деревянном тогда Якутске строительный камень, извёстку, алебастр и цемент было очень нелегко. Цементного завода в соседнем Орджоникидзевском (ныне Хангаласском) районе тогда не было и в проекте. К тому же после опустошительных пожаров лета 1936 года (тогда сгорели общежитие милиции, дом работников обкома и другие здания), в городе ощущался сильный дефицит стройматериалов. Разумеется, никто и не выдал бы ни кулька алебастра на ремонт храма. Церковь у нас была отделена от государства и должна была решать свои экономические проблемы самостоятельно. Но до достижения полной финансово-экономической автономности, когда Русская православная церковь самостоятельно смогла спроектировать и построить в 1980 году в Якутске первый храм на улице Ушакова, было ещё очень далеко.

Правда, верующие женщины не сдавались и пытались своими силами ремонтировать храм, проводя даже своего рода субботники. Но что они могли сделать самостоятельно? К тому же возраст многих прихожанок Никольской церкви был близок к 50-60 годам. О принятой в апреле 1924 года наркоматами юстиции и внутренних дел ЯАССР инструкции, где говорилось о проведении в республике отделения церкви от государства, уже писалось в одной из предыдущих статей, но позволю себе ещё раз напомнить о ней. Закрытие храмов было возможно в четырех случаях: 

• участие хотя бы группы верующих в антисоветских выступлениях; 

• злоупотребление церковным имуществом или его растрата; • нехватка помещений для медицинских и просветительских целей; 

• закрытие церкви соответствует запросам граждан в виде многих заявлений, постановлений и митингов. Позже появилась пятая, самая коварная мотивировка – если верующие не могут своими силами содержать храм и ремонтировать его. Верующие женщины никаким образом не были заподозрены в антисоветчине, не злоупотребляли имуществом церкви, помещений для медико-просветительных целей вроде бы хватало. К 1934 году построили крупнейшую на северо-востоке РСФСР деревянную Областную больницу, у театров и библиотек появились свои здания. Трест «Якутстрой» работал неплохо. В Якутске даже появился Дом якута и крестьянина (позже – Дом колхозника), нечто вроде дневной гостиницы и мотеля для гужевого транспорта колхозников, приезжающих торговать на рынках. Правда, не хватало здания для ДСП (Дома санитарного просвещения), но он по определению не мог находиться на окраине города. Однако пункт №5 инструкции 1924 года никто не отменял. Поэтому в том же 1939 году Никольская церковь была обследована специалистами треста «Якутстрой», признавшими, что её здание находится в аварийном состоянии и даже угрожает обвалом стен и колокольни. Об этом был составлен надлежащий акт. Аргумент железный. Поэтому церковь закрыли и после капитального ремонта в неё вселили республиканский архив. 

После восстановления Сталиным патриархии в 1943 году в стране начало постепенно расти влияние религии. В Якутии это ощущалось не так явно. Правда, отмечалось, что «в гор. Якутске молодые люди ходят венчаться к попу Топоркову и даже члены партии ходят крестить своих детей». Религиозность возрождалась необычно: детская смертность в голодное время войны возросла, поэтому даже партийцы подсознательно беспокоились за здоровье своих детей, поддаваясь уверениям о том, что крещение поможет его сохранить. Чтобы ходить в маленьком тогда городе к практически единственному попу, нужна была определённая смелость. И в 1940-е против верующих возбуждались уголовные дела по обвинению в антисоветской агитации. Весной 1940 года в Алданском округе был арестован бывший «поп и петлюровец Верещагин». Он работал в Лебединском рудоуправлении бухгалтером и занимался тем, что брал книги в самых разных библиотеках и «делал в них контрреволюционные надписи». Казалось бы, мелочь, но цензура о деянии арестованного даже запретила упоминать в статье сотрудника НКВД, дабы методом Верещагина не воспользовались другие «враги народа». В Якутске же в 1943 году арестовали шорника Игнатия Сергеева (1893 г.р., русский, грамотен, не судим, беспартийный, из кулаков), предрекавшего поражение Красной армии как раз перед решающей Курской битвой, ссылаясь «на библейские писания». Но по неподтверждённым данным, этот пораженец был не православным, а представителем какой-то запрещённой секты «фёдоровцев», считавшейся самой, что ни есть контрреволюционной. В январе 1945 года верующие (среди которых к тому времени появилось, как ни странно, довольно много мужчин) подали в Совет Народных Комиссаров ЯАССР заявление, в котором просили вернуть им Никольскую церковь. Но храм им не вернули, сославшись на отсутствие здания, куда бы мог переехать архив. Причём всё происходило корректно. Никакой антирелигиозной истерии по этому поводу в газетах, как в 1928-1930 году не отмечалось. Никто даже не попрекал верующих в том, что они хотят обратно заполучить себе храм, отремонтированный за государственный счёт. Примечательно, что в 1943 году прекратили производство и показ антирелигиозных художественных фильмов («Крест и маузер», «Третья жена муллы» и т.д.), выпускавшихся в темпе, не уступавшем голливудскому.

Однако верующие не прекратили настойчивых ходатайств о возвращении церкви. 16 апреля 1946 года Совет министров ЯАССР, видимо, согласовав этот вопрос с высшим руководством, предоставил верующим вместо церкви молитвенный дом в частном доме некоего И. Топоркова. Уж не тот ли это поп Топорков, к которому ходили венчаться и крестить детей во время войны? Документы пока не дают исчерпывающего ответа на этот вопрос. Кстати, деятельный священник Топорков устроил 11 мая 1945 года своего рода альтернативное, но от того не менее патриотическое празднование Победы над Германией – благодарственный молебен в честь победы над фашистским супостатом и даже малый (то есть во дворе молитвенного дома) крестный ход. Специально ради его посещения в Якутск приехали несколько верующих из Табаги и Владимировки. Власти к этому отнеслись спокойно, не препятствовали и даже отправили наряд милиции охранять верующих от излишнего внимания любопытствующих комсомольцев. Но почему 11-го, а не 9 мая? Потому что известие о капитуляции Германии вызвало стихийное народное празднование, затем принявшее организованные формы с митингами, народными гуляниями и концертами. Собрать народ на молебен было сложно. К тому же согласно требованиям существовавшего тогда закона «О религиозных объединениях» (принятого в 1929 году и отменённого только в 1990 году) полагалось известить власти о проведении всевозможных массовых религиозных мероприятий минимум за сутки до их проведения. Так что получилось, как в поговорке, лучше поздно, чем никогда.